Naturnahe Moore sind langfristige Kohlenstoffsenken, da das von Pflanzen über Photosynthese aufgenommene Kohlendioxid (CO2) in der wassergesättigten Umgebung nur unvollständig zersetzt und als organisches Material – also Torf – abgelagert wird. Die wichtigsten Torfbildner in Hochmooren sind die Torfmoose (lat. Sphagnum). In naturnahen Mooren entsteht unter diesen nassen Bedingungen aus natürlichen Abbauprozessen das Treibhausgas Methan (CH4), so dass solche Standorte im Mittel klimaneutral sind.
Durch Entwässerung gehen nicht nur die hochspezialisierten Tier- und Pflanzenarten der Moore verloren, sondern es werden auch großen Mengen an CO2 freigesetzt, da die Durchlüftung des Bodens eine starke Zersetzung des organischen Materials durch Mikroorganismen ermöglicht. Zusätzlich wird das Treibhausgas Lachgas (N2O) emittiert, das an nassen Standorten keine Rolle spielt. Entwässerte Moorböden stellen heute eine bedeutende Treibhausgasquelle dar, die in ihrer Größe in etwa dem jährlichen Flugverkehr über Deutschland entspricht.